自西方殖民者来到东方后，他们不仅控制了印度洋航行权，而且在印度次大陆、印度支那牛岛以及东南亚地区不断扩展其势力。从而我国自汉唐以来所开辟的南海航路，自明中叶以后逐渐萎缩到今南洋地区，所以清代南海航路主要是与东南亚各国进行贸易交往。
　　清代自开禁以后，与南洋地区的海上贸易日益活跃，主要由福建的厦门、广东的潮州澄海、广州及海南岛等地出港，这里地近南洋，来往方便。少量也有从上海、宁波前往的。在东南亚诸国中，关系最为密切的首先是越南和暹罗，它们离我国最近，来往最方便。
　　越南是我国南方近邻，它的北部与我国广西、云南毗连，所以它与清朝政府的朝贡贸易被指定由广西陆路进行。而且中越间的民间贸易也严格限制在边境进行，不许越南商舶来广州交易。但越南中南部地区的沿海城市，通过海上交往比走陆道翻山越岭要方便得多，所以当时在越南中部的会安，南部的西贡、堤岸等地都常有中国商船前往贸易。其中以会安最为著名，越南各地商贩、华侨把当地各种货物运到会安，与来到这里的中国商船换取中国商品。到17世纪末，每年总有十几艘中国商船到这里来进行贸易活动。据清代档案记载，乾隆三十八年(1773年)越南稻谷丰收，仅澄海县于十二月初九至二十五日，半个月中就有19艘船前去越南购米。乾隆四十年(1775年)两广总督奏疏中说：本港商船每岁赴交(指交趾，即越南)置备锡箔、土香、色纸、京果等物；其自交回广，则买带槟榔、胡椒、冰糖、砂仁、牛皮、海参、鱼翅各种。该国土产与必要天朝货物，悉从海道往来。
　　越南商船虽不能直接来华贸易，但他们时常借护送海上遇难的中国船民的机会，派船顺带货物来粤进行贸易。如道光九年(1829年)，一次借护进遭风受难的广东监生回广东之际，不仅顺带货物来粤交易，而且还向消政府递交了文书，正式请求能常年货船往来，每次或两三艘，来粤互市。遭到清政府拒绝。道光十一年(1831年)又有越南瑞龙号船，借护送中国难民及彰化知县李振青家属回闽，随船带有肉桂、砂仁、燕窝、沉香、象牙、黄蜡、木材、海产品等五千余担来厦门港进行交易。可见两国海上贸易交往尽管受到种种限制，但仍很密切。
　　说到暹罗，前面已述，早在清初实行海禁前，已有琉球、暹罗等国遣使前来朝贡，以后即使在海禁期间也从未中断，关系一直很密切。按规定是三年一贡，贡船两艘，实际上其贡船几乎每年不断，每次来都不止两艘。据《粤海关志》记，乾隆五十一年(1786年)的上谕中说：“暹罗国王每年正副贡船到关，其随带之船至十余只之多，又有借名探贡船只，俱属内地商船，所带货物甚多。”对暹罗商船，历来予以特别优惠，“听其随便贸易，并免征税”。至鸦片战争前，每年暹罗来华商船常达百艘以上。至于当时中国去东南亚的商船，也以到暹罗的最多。据东印度公司的一份报告统计，1830年中国去东南亚各国的商船，以去暹罗的最多，共有89艘，另外从海南岛去的小船，估计还有约50艘。一位西方人士在这之后不久，亲眼看到曼谷河中的中国商船，每艘载重在200吨至600吨之间，排列停泊在河中，长达2英里以上。可见中国商船在暹罗之多。
　　自明中叶以后，我国闽粤沿海地区因地少人多，商品经济发展很快，一直缺粮。正好东南亚地区盛产稻米，其中以暹罗最为丰盛，所以在清代的中泰两国贸易交往中，米粮交易成为大宗。清政府对暹罗尤为优惠照顾，为保障其出口大米的利益，规定沿海浙江、福建、广东诸口不得随意压价，当时暹罗米价每石不过二三钱，而清政府决定每石给五钱。而且一旦米市呆滞，无法脱销，清政府还全力收购，以作库粮。不仅如此，还一再特准免税。如康熙六十一年(1722年)，特准暹罗贡使运来米三十万石，到福建、广东、宁波三处出售，并予以免税。雍正二年(1724年)为优待暹罗等国运米船只，特准与随带货物一并免税。乾隆八年(1743年)还规定：凡遇外洋货船来闽、粤等省贸易，带米一万石以上者，免去船货税银十分之五；五千石以上者，免十分之三。而中国商船从外运回大米，要求同等待遇，却不能一视同仁。只是在乾隆十六年(1751年)提出：凡内地商民，有自备资本，领照赴暹罗等国运米回闽赈济，数至二千石以上者，按数分别生监民人，赏给职衔领带。只是赏予九品顶戴至七品把总职务的荣誉官衔而已。
　　暹罗盛产木材，可以用来造船，于是乾隆九年后，不少中国商人去那里造船运粮，于是乾隆十二年(1747年)作出规定：凡在海外造船，船粮同回则可准归；其无米载回，只造船载货归者，应赔罚船税示儆。于是，在鸦片战争前，形成一股大量运米热潮；雍正九年(1731年)，厦门12艘商船运回大米11800石；乾隆七年(1742年)，广东商船捎回米2300石，福建38艘商船捎米42900石；乾隆二十七年(1762年)，运回大米63900石；道光十年(1830年)，仅广州进港米船15艘，运米59650石，谷12240石；道光十二年(1832年)，仅广州进港米船29艘，运来米122640石，谷1501石。
　　由上可见，当时从暹罗南洋地区进口大米多么可观，海上贸易依然很活跃。以后随着西方列强不断瓜分东南亚，垄断南洋航运，我国前往贩运大米热潮逐渐衰溶。
　　闽粤商船每年冬春间，还往柬埔寨互市；有的商船甚至到达了缅甸仰光。至于对马来西西亚、新加坡、菲律宾、印度尼西亚、爪哇、婆罗洲(今加里曼丹)、苏禄等国的贸易交往也一直不断。有的还利用当地木材，就地造船后载货而归。有时在贸易的同时，还带去一批工匠，就地取材制作当地需要的手工业品，就地销售，颇受当地人民欢迎。
　　值得一提的是，这时期我国沿海地区大批人口随海船外出，移居这些国家，成为当地侨民，对开发这些地区作出了巨大贡献。如越南南部的柴棍(即西贡，今胡志明市)、发福、拓河等地均经大批华侨辛勤开发才得以发展；暹罗的华侨在鸦片战争前已达150万人，占当地人口六分之一；在新加坡、马来西亚、印度尼西亚等地，几乎到处都有大批中国侨民在艰苦创业，扎根生息，与当地人民共建美好家园。西方殖民主义者不仅对华侨进行残酷剥削压迫，甚至进行野蛮屠杀。数以千万计的华侨所付出的血汗，所作出的贡献，为世人瞩目。他们为发展人类文明史写下了光辉灿烂的一页。