如上所述，国民党在推行商民运动初期所采取的一项重要举措，就是想用新成立的商民协会取代原有的商会，但《商民运动决议案》只是规定对原有商会“用严厉的方法以整顿之”，并没有马上下令强行解散所有的商会。而且由于种种原因，国民党当时也未采取什么具体行动真正对商会进行整顿。因此，在商民协会成立之后的几年中，各地的商会依然存在并基本保留原有独立的民间商人社团特征，从而随之出现了商民协会与商会并存的新局面。
　　由于这两个商人团体并存，相互之间的矛盾与纠葛就难以避免。且不说国民党的初衷就是要用商民协会取代商会，即使仅就这两个商人团体所具有的不同特点看，也不可避免地会经常产生摩擦。商会的主要领导人都是各行各业的头面人物，连会员也大都是各行业的代表，基本上属于工商界上层，而商民协会的成员除少数大商人之外，主要以中小商人为主，还包括店员在内，因而无论是经济利益还是政治利益都不可能完全趋向一致，自然会在一些相关的问题上意见相左。尽管商民协会是国民党直接组织的商人团体，有国民党强大的政治势力作后盾，但成立已数十年的商会也早已在工商界奠定了不可忽视的地位与影响，在与商民协会的冲突中并非都处于下风，常常形成针锋相对的局面。一部分商民协会曾希望借助国民党的政治权力将商会合并接管或是取消，国民党中央商民部也曾一度表示同意，向中央执行委员会提出“旧有商会组织不良，行动乖谬，应予提议取消，以改善并统一商人之组织”一案，商民协会更是攻击商会“在在阻挠商协之会务，我党商民运动良以此为心腹之患”①。
　　1927年3月，成都市商民协会呈文国民政府，指出“成都总商会自前清末叶成立以来，即由官僚主持于上，商听命于下”，要求明令予以取消。国民党中央商民部表示：“该旧商会劣迹昭著，殊堪痛恨，为此令仰该省党部商民部查照原呈各点酌量情形核查具复。”②4月，长沙市商民协会呈请“将长沙旧商会实行取消以便统一商民组织，集中革命力量”。湖南省党部商民部表示支持，并呈文中央商民部说明旧商会“每与各地商协暗相抵触，有妨商运之统一，当此革旧维新之际，自应铲除此种障碍”。中央商民部认为“长沙全市商民均已加入市商协，同一地域实无两团体并立之必要”③，也予以批准。5月，中央商民部还曾同意南昌市商民协会接管南昌总商会。④于是，其他一些地区的商民协会也纷纷仿效，甚至不经呈报即自行其是，结果引发许多矛盾。国民党中央商民部又于5月报请中央执行委员会，提出“除已经接管省份不计外，嗣后各省商民协会筹备处等团体对于旧商会之接管，应事前先行呈请中央予以核准，经中央党部核准，然后遵令接管”⑤。由于无论是取消还是接管商会，尽管有国民党中央商民部的训令，但实施起来仍遭到商会的强烈反对，使商会与商民协会的矛盾冲突更加尖锐。因此，国民党中央执行委员会第22次会议议决的结果是“不准接管”。中央商民部又赶紧向各省党部商民部发布通令，说明“除湖南、江西已经接管不计外，合行该省党部商民部商民协会等团体遵即以后对于旧商会不得任意接管”⑥。不过，国民党也并未因此而完全改变对待商会的态度，只是根据当时的情况转而采取另一种权宜之策。下引一份国民党中央商民部呈中执会的“商民运动之最近方略”手稿，是笔者在台北国民党中央委员会党史会所藏商民部档案中查到的，从中即可看出这一微妙的变化。
　　现各省市县商民协会呈拟备案者极为繁夥(本月底另有详表报告)，惟商协组织愈发达，而旧商会抵抗亦愈力，双方暗潮时常接触，加以旧商会类多大资产阶级，藉有数十年之历史，经济上之地位、社会上政治上的地位均在商协以上。至于商协均系新近成立，组织之分子多系中小商人，经济上社会上政治上的地位远不及旧商会。本部虽负有改选(原文本为“改组”，后改为“改选”。——引者)旧商会、领导商民协会之职责，然以旧商会之势力在经济界、金融界占有优越势力，而政治之运用，如发行票券公债筹借饷糈等，与旧商会又有较为密切之关系，骨子里虽具有改造旧商会之坚决意念，而表面上又不能不与以相当之周旋；对于商协会虽居于保护领导之地位，而表面上又不宜予以优越的权力。故本部对于旧商会拟采用阳予委蛇、暗施软化之方法，或消极方面设法剪灭其旧势力，积极方面设法促其参加国民革命。对商协采取一实际援助之手段，如予以补助费，添予政务等，而表面上对商会、商协一视同仁。⑦
　　显而易见，由于国民党起初制定商民运动方案时，对工商界和商会的实际情况缺乏了解，没有认识到商会在经济、政治和社会上的重要影响与作用，对商会采取了比较偏激的举措，一些商民协会据此对商会强制进行接管和取消，但在实际操作过程中却遭遇到许多困难，使商民运动的发展受到严重影响。鉴于这种状况，国民党又不得不对商民运动的方略稍作修正，转而采取表面上对商会、商民协会一视同仁，实际上仍在各方面支持商民协会削减和“改造”商会势力的方略。当然，这一新方略并不表明当时国民党对商会的性质有了完全不同于过去的新认识，只能说是国民党在不得已的情况下，面对现实而采用的一种稍显缓和的隐蔽手段。正因为如此，商民协会与商会之间的冲突矛盾也没有因此而消除，甚至在不久之后又出现了更为激烈的商会存废之争。
　　有的论者指出商民协会与商会之间也有相互合作的表现，特别是“商民协会在成立初期，与商会组织互相渗透，行动互为表里，二者团结合作，共同致力于反帝反军阀的斗争。但随着南京国民政府的建立，大革命失败，商民协会与商会的矛盾冲突不断发生进而激化”⑧。从一部分地区的情况不难发现，在要求废除苛捐杂税、发展工商业和反对帝国主义的奴役等斗争中，商民协会确曾与商会共同联合开展过一些活动，这并不奇怪。因为尽管商会以大商人居主导地位，商民协会以中小商人为主，相互之间虽存在矛盾，但同为商人团体，又在某些方面有利益相通之处。如苛捐杂税损害整个商人的经济利益，发展工商业则是整个工商界的一致要求，帝国主义的奴役更是对整个中国民众的凌辱，所以在这些问题上商会与商民协会并没有什么利益冲突，能够协调一致地合作开展活动。汉口特别市商民协会与总商会还曾于1927年5月联合召开武汉商民代表大会共议有关金融问题，除汉口商协和总商会各派代表15人之外，武昌商协和总商会也各派代表12人，双方代表“均有发言权、表决权及选举权”⑨。但是，商民协会与商会之间的矛盾也是显而易见的，而且早已有之，并不是在南京国民政府建立之后才不断发生进而激化。即使是在商民协会与商会合作较多的广东，情况也是如此。1926年9月广东省务会议致国民党中央商民部的一份公函即透露了商民协会与商会之间的矛盾。由该函可知，广东全省商民协会先前曾致函省政府，提出广东第一次商民协会代表大会通过的决议案指明：“各地倒闭商店从新皆由旧商会开投，种种舞弊情形不知凡几，现在商民协会经已成立，旧式商会已无存在之必要，开投倒闭商店由商民协会执行，庶直接足以巩固商民协会之威信，间接足以打倒旧式商会之根基。”这显然是要削减商会在这方面的权力并取而代之，也是商会所无法应允的。广东省务会议商议此事后，认为“事关全省革命商民代表公意”，“自当敬谨接受”，遂呈报中央政治会议核夺，旋奉函饬移交商民部讨论核定办法。⑩此事的最终结果虽不得而知，但已经反映出商民协会与商会之间存在的矛盾冲突，其意欲“打倒旧式商会之根基”的言词，也和盘托出了商民协会对待商会的态度。
　　① 《汉口商民协会致中央商人部函》，1927年11月19日，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部0836。
　　② 《中央商民部致四川省党部商民部训令》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部1084。
　　③ 《中央商民部致湖南商民部指令》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部1087。
　　④ 参见《中央商民部致江西省党部商民部令》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部1103。
　　⑤ 《中央商民部致中执会函稿》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部1709。
　　⑥ 《中央商民部通令》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部6340。
　　⑦ 《关于本部商民运动之最近方略》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部10686。
　　⑧ 乔兆红：《论1920年代商民协会与商会的关系》，载《近代中国》(台北)第149期，2002年6月。
　　⑨ 《武昌阳夏商民代表大会组织法》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，汉6101。
　　⑩ 参见《广东省务会议致中央商民部函》，台北，中国国民党中央委员会党史会藏档，部14016。