商会虽然以保商、振商为宗旨，但是也希望有一个有利于经济发展的政治制度和社会环境，因此对政治变革和社会时局颇为关心，也从自己的利益得失出发，自觉或不自觉地参与各种政治活动。在清末的几次规模较大的政治运动中都可以看到它们的身影。
　　商会诞生以后所遇到的第一场政治运动是君主立宪运动。1906年9月1日，清廷迫于内忧外患和立宪派的呼吁，正式宣布实行预备立宪。清廷的预备立宪上谕一颁布，立即得到商会的拥护和赞扬。上海商务总会率先表态，与上海商学公会联名致电农工商部，对预备立宪表示欢欣鼓舞，盼望早日实行；紧接着又于9月5日通电天津、苏州等商务总会，告知上海商学两界准备于本月21日悬旗庆祝，希望其提倡照办，并转告学界。天津商务总会积极起而响应，就在这一日一律悬旗结彩祝贺，全市欢歌。苏州商务总会也立即布告商学两界准备庆祝。21日那天，城厢内外的商家都高挂龙旗，张灯结彩，欢声雷动，庆祝预备立宪。商务总会还招集全体会员开庆祝大会，演说立宪意义，终日欢宴。
　　此后，商会很快以实际行动投入这场立宪闹剧之中。当张謇、郑孝胥、汤寿潜等江浙立宪派名流筹建预备立宪公会这一全国性的立宪团体时，上海商务总会总理曾少卿做了不少协助工作。1906年12月预备立宪公会正式成立，新当选的上海商务总会总理李云书、协理孙多森，以及议董徐润、周金镳、朱葆三、苏葆笙、虞洽卿，会员荣宗敬、荣德生、郁屏翰、夏粹方；沪南商务分会的总理王一亭、议董李平书等上海商人领袖，分别担任了预备立宪公会的会董或会员。苏州商务总会的总理尤先甲、杭州商务总会坐办金承卜、嘉兴商务分会的总理高宝铨、锡金商务分会的协理孙鸣圻和坐办华文川、海门商务分会的总理刘燮钧、王店镇商务分会的总理张棣等人，也都加入预备立宪公会成为会员。到预备立宪公会在各省设立分会时，各地的商会也都予以积极的支持和配合。
　　商会还积极支持和参与了地方自治活动。1905年当预备立宪呼声四起之时，地方自治运动亦乘势而起，成为预备立宪的一项重要内容。在这一活动中上海商务总会是表现突出者之一。7、8月间，上海商务总会和沪南商会的一些重要成员，如郭怀珠、李平书、叶佳棠、莫锡伦等人，鉴于列强侵权日益严重，国家主权不断旁落，市政状况愈益衰败，首先提出创设上海总工程局，从整顿市政入手建立自治之基础。这一倡议立即得到上海道台的赞同和批准。11月11日，上海城厢内外总工程局正式成立，由上海道台授予其办理所有马路、电灯以及城厢内外警察等一切事宜的权限，使之成为一个除地方当局之外的代行部分行政职权的地方自治机构。总工程局由绅商代表组成，内设议事会、参事会，行使权力。
　　上海商务总会虽然没有直接出面发起总工程局，但是商会的许多重要成员担任了总工程局的领导职务。总工程局第一届主要领导人中，由沪南商会会董李平书任领袖总董，上海商务总会的总理曾少卿、协理朱葆三，会员郁怀智、莫锡伦任办事总董。在第二届主要领导人中，除李平书继任总董，曾少卿、朱葆三改任名誉董事外，增补新当选的商务总会协理李云书和议董王一亭为董事。1910年，总工程局改称自治公所后，领导权继续掌握在商会要员手中，李平书继续任总董，莫锡伦、王一亭、顾履桂任董事，朱开甲、苏本炎、叶逵、朱得传等商会会董任名誉董事。总工程局的这种领导成员结构，充分体现了商会对总工程局的支持和影响。
　　苏州商务总会对苏州地方自治活动的领导和支持也是很突出的。1909年6月，苏州商务总会会董、自治研究会成员施莹，向苏州商务总会、江苏苏属地方自治筹办处，以及府、县地方衙门提出，在市中心商业区观前街地区成立“市民公社”，负责自我管理该地区的卫生、保安等事宜。这一请求很快得到有关官府的赞同和批准，“苏城观前大街市民公社”正式成立。此后，其他街道也仿照观前街相继成立市民公社，使这种以街区为范围的基层自治团体在苏州很快普及。每个市民公社，都设有评议部、干事部、经济部(或会计部)、庶务部、文牍部(或书记部)、消防部等办事机构，分工负责各项事宜，具有较强的自治能力。
　　在市民公社的成立和活动中，苏州商务总会起了较大的领导和支持作用。先后成立的27个市民公社，有26个是由商会转呈有关官府批准创办的。市民公社的领导成员选举，一般都邀请商会派员前往监选，选举结果也呈报商会备案。与官方的交涉事宜，大多请商会转达陈报。许多市民公社的干事、会长，大多由商会重要成员兼任。如观前街市民公社的第一届职员中，干事部的施莹、评议部的倪开鼎、调查部的黄驾雄等人；渡僧桥四隅公社的发起人和主要职员韩庆澜、苏绍柄、蔡廷恩等人；金阊、道养、胥江、阊门马路等公社的主要负责人洪毓麟、沈束璋、季厚柏、刘正康等人，都是商会的会董或会员。据统计，可以查明的15个市民公社197名历届正副社长中，商人占169名，他们中的绝大多数与商会有着密切的关系。因此，苏州商务总会实际上已成为市民公社的直接领导机构。就是官府也承认这一事实，如官府下达给市民公社的事项都经由商会转达。苏州巡警道还在给商会的照会中说：贵会在市面繁盛之区鼎言劝导，组织市民公社多处。这表明其承认商会在组建市民公社中的领导地位。
　　广东商务总会也参与了广州地方自治团体的组建工作。1907年，一部分广东商人，鉴于世界商战日剧，外国资本侵入中国亦日多，清廷只知重贵(即地位高贵的人)崇文(即士大夫)，轻工(即工业)贱贾(即商业)，因而决意联合起来，共图在商业组织中有所进展，并企图借此组织力量，按步实现其拓展财货、扩商权，进而参与新政、兴商富国的宏愿。于是成立了粤商自治会，统筹办理本省之内的地方自治事宜。会中设立议事会、董事会、干事会，以三权分离的立宪政治方式行使职权。
　　由于粤商自治会经济自治目的较强，在其发起之初与商会有着较为密切的关系。它的主要发起人和主持人陈惠普、谭荔垣、郭仙洲、陈竹君都是商会的重要成员。其他发起和主持者中大多也是商界人士，如李戒欺是商人、铁路公司股东；陈基建是商人；朱伯乾是烟丝业商人、南海大信银行股东；岑家礼、唐拾义是成药商人；黄焕庭是航运业商人；谭民三是百货业商人；胡端峰是牙粉制售商人。这些发起和主持自治会的商会成员，虽然后来因与商会主要领导者政见不一而发生矛盾，使自治会和商会之间没能很好配合，但不能不承认商会在自治会成立时期予以的支持。