中华民国成立后，建立全国商会联合会之事又很快提上日程。1912年6月，汉口商务总会向上海商务总会重新提出此事，得到上海商务总会的赞同。然后，这两家商会一面拟订《组织大纲》，一面致电天津、奉天(今辽宁)、重庆、广州等各大商会征求意见，得到一致赞同。11月，民国政府工商部召开全国临时工商会议，全国各主要商会代表云集北京。会议期间，上海总商会代表王一亭和汉口总商会代表宋炜臣、盛竹书三人联络与会的45个商会的代表，开会商讨组织全国商会联合会事宜，获得一致赞成，当场议决，成立“中华全国商会联合会”，设本部于北京，以上海总商会为总事务所，各省各侨埠设立分事务所。12月20日，获工商部批准。上海总商会推举会长周金镳、副会长贝润生和王一亭为总事务所总干事，于1913年1月18日任职，上海总事务所宣告成立。到1913年8月，全国已有江苏、直隶(今河北)、江西、云南、浙江、黑龙江、四川、山东、安徽、吉林、甘肃、陕西、河南、贵州等14个省的商会联合会分事务所成立。1914年3月15日，在上海召开第一次全国商会代表大会，正式宣告中华全国商会联合会(以下简称商联会)成立。
　　商联会以促进工商业发展为己任，其发起书声明它有四大目的：第一，沟通商情，便于联络商人，调查商情；第二，协助和督促政府施行资本主义的经济政策，如参与商法、商税、商约的议订；第三，便于国内外商人共同研究国内外商情，加强与外资的竞争能力；第四，合力抵制外国侵略，保护华侨。其章程明确规定：“本会以联合国内外商人所设之商务总分会所，协谋全国商务进步发达，辅助中央商政之进行为宗旨。”按照章程规定，它的活动包括以下九个方面内容。
　　调查商情。对各地的产物、商情和各国商情，或由本会派员前往调查，或由当地商会自行调查，按月上报，编成中国商务汇报，按月刊出。
　　发展商业。劝说商人集资创办工商实业，设法扩展国际贸易。
　　振兴商学。选派富有商业经验者出国留学，筹办和推广高等、中等和初等商业学校及商业补习学校。
　　维持商务。对全国各地出现的金融事件、产品不良、转运困难，均由本会设法维持和改良之。
　　辅助商政。对政府的工商业政策，赞助其良者，劝阻其劣者，并为政府提供商务咨询。
　　议订商法、商税和对外议结商约。调查有关具体情况，提供政府参考，征集商界的意见，提交政府采纳。
　　裁判商事纠纷。调查和处理一切商务纠纷。
　　展销商品。设立商品陈列所，陈列本国产品和外国的新式产品，以供互相比较，促进本国产品改良。
　　其他一切商业事务。
　　商联会有比较健全的组织结构，它的成员包括全国各地商会的职员和会员，只要各省事务所将他们的姓名、籍贯、年龄、住所、职业等情况列册上报，即可作为其会员。因此，它的会员遍及全国，总数达20余万，是当时全国规模最大的工商界团体，此后也没有哪一个同类团体能与之比拟。
　　商联会的组织系统，分为商联会总部、商联会各省事务所、各省总商会三级。在通常情况下总部与全国各级商会之间的联系，通过这三级机构传递，在特殊的情况下总部也直接与各省总商会相联系。各省事务所是商联会总部联结全国各商会的中间环节，因为各省事务所是商联会的法定下属和派出机构，而各省事务所都设于各省商务最繁盛、交通最便利之地的总商会内；其领导成员的组成，则由各省内的各总分商会的正副会长兼任评议员，再由评议员中选举2人担任事务所干事，由此把全国各商会的正副会长都置于商联会的下属机构之中，密切了商联会与全国各商会的组织联系。
　　商联会的最高权力机构是全国商会代表大会。大会有两种，一种是常年大会，按章程规定一般是每两年举行一次；另一种是临时大会，没有固定的日期，若遇有紧要事件，由会长通告，或各省各侨埠事务所之请求，就可以召开。每逢开大会之时，来自全国各地的商会代表聚集一堂，对一些重大的经济和政治问题进行充分的讨论，达成一致的认识，形成决议，然后交由会长或专设机构实施办理。大会还有选举会长、制定章程的权力。
　　商联会的最高行政首长是会长、副会长。他们全面负责会内一切事宜，但是不能擅行其是。章程规定：凡会中各事，会长除照章执行外，其他事件须经评议会议决，至重大事件，则必须得各地事务所之多数同意方可施行；向政府报告商事习惯及商业状况等事，必须征得各地事务所的多数同意；向政府条陈商法、商税、商约之意见，也必须获得各地事务所的多数同意；裁判商事纠纷，必须按照将来司法部颁布的商事公断处章程办理。
　　商联会还设有两个评议机构。一个是审议会，它是每届全国商会代表大会召开期间所设的一个临时性机构，按大会所提出的议案种类分别设立若干个，其成员由与会代表民主互选产生。它的任务是根据大会讨论的意见，详细审查和评议每一件议案，并起草决议案，然后提交大会通过。另一个评议机构是评议会，它是全国商会代表大会的常务机构，主要任务是协助会长执行每届大会的决议案，同时处理非大会期间发生的一切大小事务。它的成员由商联会各地事务所从其会员中推举代表一二人组成，这些成员各代表一方商会的利益，既对商联会负责，也对自己所代表的某一地区商会负责。它的主要职责是对大会决议之外的一切有关事项议决处理方案，提交会长执行；若遇有特别重大之事，须征求全国商会的意见才能决定处理的办法，或建议会长召开临时全国商会代表大会讨论决定。
　　商联会在组织活动中实行的是资产阶级民主制度，这除了表现为入会自愿，会长、副会长、评议员等领导人员由民主选举，重大事件由全国代表大会和评议会议决之外，还表现为全国代表大会代表和决议的产生过程。
　　全国商会代表大会的代表和决议案都是通过民主的方法逐级产生的。按照章程规定，常年大会召开之前，各省事务所要召开全省商会代表大会一次，由各级商会从其会员中选举1～3人出席会议，再从出席省代表大会的代表中选举5～15人作为出席全国代表大会的代表。与此同时，各地各级商会各自召开全体会员会议，提出自己要向全国代表大会提出的建议和要求解决的问题；然后在商联会各省事务所召开的全省商会代表大会上，讨论决定本省提交大会的议案。凡提交大会的议案，无论其提交者单位之大小、地位之高低，也无论其议案内容之繁简、情调之缓激，一概要经由大会讨论答辩、审议会审议、大会听取和通过审议报告的程序，然后才能形成决议。即使是由总部机关、正副会长，乃至政府有关部门提交的议案，都不能例外。
　　中华全国商会联合会的成立，不仅把全国的工商界联结起来了，而且体现了规模巨大、机构健全、入会自愿、民主制度等现代团体的特点，从而使近代中国工商界的组织进一步现代化。