中华全国商会联合会成立之后，又为自己的巩固和合法化与袁世凯的专制主义展开了不懈的斗争。工商界组建商联会的行动，在1913年6月以孙中山为首的革命党发动“二次革命”之前，曾得到了袁世凯政府工商部的支持。当时的工商都由原资产阶级革命派人士刘揆一担任总长，他不仅很快批准了商联会的成立，而且加以热情的称赞，在批文中说工商界的这一举措富有远见，“深堪嘉尚”，与本部的想法不谋而合，此后必能“实力进行，扩充商业，本部乐观厥成”。但是，“二次革命”被镇压以后，袁世凯在围剿民主力量重建专制统治的同时，力图缩小日益自立化的工商界势力，企图把商会的组织规模和活动领域限制在一城一市和纯粹商务范围之内，以便控制商会为己所用。
　　1914年初，奉天省商会联合会向袁世凯政府提出了反对现行税务制度的意见书，惹恼了袁世凯，于是这位大总统便命令农商部设法取消商会联合会，并对商会严加监督。由此引起了袁世凯政府与商联会之间的取消与反取消斗争。
　　在这一年的3月，商联会召开第一次全国商会代表大会时，代表们在讨论《商会法》草案中，要求增补有关商联会的条文，出席这次会议的农商部代表也当场表示赞同。但是，9月12日袁世凯政府公布的《商会法》中，只规定各省可成立商会联合会，没有关于全国商会联合会的条文，无形中取消了商联会。为此，京师总商会致函农商部，依据前工商部的批文提出质问。农商部批复道：前年宋炜臣等所呈中华全国商会联合会章程，由前工商部核准批示立案，现在《商会法》内规定之各省商会联合会已成各省单独机关。法律既经公布，根本业已变动，凡从前批准章程不在法律内所规定者，当然一律无效。这则批示不仅毫无修改《商会法》的考虑，就连以前工商部的批文也给否定了。部文下后，商联会上海总事务所就其存废问题致电全国各商会征求意见，各商会一致认为：全国商务之总机关唯全国商会联合会是赖，表示坚决反对取消商联会及其总事务所。广州总商会的回电指出：如果没有了商联会，全国商界也就失去了能够集群策群力，研究讨论，振励进行商务的枢纽，那么商务前途必致失败。主张力争商联会和总事务所的合法地位。根据各商会的这些意见，商联会上海总事务所又致电农商部，要求将商联会写入《商会法》。农商部则仍坚持原批，答复总事务所说：各省已设立商会联合会，其全国商会联合会名目不必另设，将来如有重大事件发生，由省联合会办理。企图以各省商会联合会取代全国商联会，削弱工商界的力量。此后，商联会上海总事务所因失去法律依据，不便活动，宣布一切进行事件停止办理，委托湖北省商会联合会继续联络全国商会力争全国商联会的合法地位。
　　湖北省商会联合会乘《商会法施行细则》未颁之机，于1914年11月24日，会同全国21个省的商会联合会电呈政事堂(即原国务院)和农商部，指出：“欲联合全国之商情，振兴全国之商业，非有统一机关，合全国为一气，似不足以利交通而谋发达”，并要求在即将颁布的《商会法施行细则》中加入全国商会联合会总事务所存在办法两条：一是全国商联会以各省商会联合会共同组成之，总事务所为联合机关，凡关于全国商事范围内的事情，由总事务所执行之；二是全国商联会每年联合各省商会开会一次，其开会地点则于每年大会时预定之。但是这一要求再次遭到拒绝。湖北省商联会代表、武昌总商会会长、参政院参政吕逵先受委托，在京城向政府直接请愿，四处碰壁。他先到农商部磋商数次，与农商总长章宗祥当面商谈，得到的回答是：《商会法》系参政院议决之件，条文内既未列入全国联合会，不便于细则内加入，且细则业经呈送政事堂核定，部中此刻无修改之权。吕逵先还不甘心，接着又到政事堂磋商，结果仍以细则应根据原文，无另行加列条件之例，实难设法等数语相拒。11月28日公布的《商会法施行细则》，仍然没有关于商联会以及总事务所的任何条文。12月7日，农商部又给湖北省商联会事务所下了一个批文，明确表示：查《商会法》内规定之各省商会联合会已成各省单独机关，并无各省公组之总事务所。所拟办法第一条与法令相抵，应毋庸议；至第二条办法，为各省联络起见尚属可行，唯施行细则业奉大总统令公布，未便再请加入，应于每年开会前禀报开会省份该管地方长官详咨本部立案。这则批文较前有所让步，但仍将商联会改为临时性的全国商会联席会议，并降低为省级活动，还须经地方长官报经农商部批准，显然意在敷衍。
　　为了进一步联合全国商会力争商联会的合法地位，湖北省商联会事务所总干事盛竹书建议全国商联会上海总事务所，邀集就近省份商会代表，召开临时代表大会，讨论研究力争商联会的对策。商联会上海总事务所采纳这一建议，于1915年3月25日至29日，召集21个省区53个商会的78名代表，在上海举行了全国商会临时代表大会。这次大会是一次专门讨论《商会法》的会议，代表们一共提出议案106件，除了讨论商联会的存废问题之外，还对《商会法》的条文作了全面的检讨。会上群情激昂，言词激烈，最后达成共识：当前全国商业衰败，又当商战剧烈之时，欲谋商务之振兴，实业之发达，非有全国商界集合团体，为之联络，研究进行，不足以言进步，抑且“无以自存”，把商联会的存废问题看做关系全国商务盛衰和商会存亡的关键之点，并形成了“商会得组织全国商会联合会”的决议。
　　在全国商会的联合力争之下，袁世凯为缓和矛盾，也想拉拢工商界支持其正在进行的帝制复辟活动，被迫修改《商会法》，于1915年12月14日公布。新颁《商会法》规定：“总商会、商会得联合组织全国商会联合会，全国商会联合会得设立总事务所。”至此，经过全国商会的长期努力，终于使全国商联会成为一个合法的全国性工商界团体。
　　在清末商会的产生和发展过程中，除了工商界的联合意识之外，政府的提倡和支持也起了重要的作用，但是在民国初年商联会的产生和争取合法地位过程中，则完全是工商界自身努力的结果。这既反映出当时的中国工商界，经过辛亥革命的洗礼，主人翁意识进一步加强，力图团结起来，以全体的力量，担负起振兴民族经济、抵抗外国经济扩张的历史使命、也反映了他们反对专制统治、追求民主政治的思想意识和行为取向。