四一二政变以后，蒋介石为了强化专制统治，力图将原有自主性较强的商会改变成控制在自己手中的御用工具。他首先把目标对准了势力最大、影响最广的上海总商会。4月26日，国民党以上海总商会会长傅筱庵资助军阀孙传芳抵抗北伐为由，下令通缉傅筱庵，并指派财政部副部长钱永铭、外交部长郭泰祺、淞沪警察厅长和总商会内反傅派成员虞洽卿、王一亭、冯少山等人，强行接管总商会，负责办理改造商会群事宜。但是被接管后的上海总商会并没有完全听命国民党，仍有干预政治的行为发生，为当局所不悦。
　　于是，国民党准备以在其指导和控制下组织起来的商民协会取代总商会，并成立上海商民协会筹备会。商民协会筹备会成立后，依仗官方势力不断向总商会发起攻击，甚至寻衅滋事，抢砸和强占总商会办事场所，逼得总商会只好迁往其他地方办公。
　　在打击上海总商会的同时，国民党还开始向全国的商会发起进攻。1926年的国民党第二次全国代表大会，就在有关商民运动决议案的第二条中说：对于旧式商会之为买办阶级操纵者，须用适当方法逐渐改造，一面并帮助中小商人组织商民协会。这已经开始显露出用商民协会取代商会的用意。1927年11月17日，国民党中央商人部又发出通告：旧有商会组织不良，失却领导商人之地位，现在各地商人都自动组织商民协会，以为替代，本部拟于第三次全国代表大会时提出议案，请求撤销全国旧商会，以商民协会为领导之机关。公开宣称要以商民协会取代商会，并把商民协会的商人称为“革命商人”，把商会内的商人暗指为不革命商人。
　　由此引发了一场以上海总商会为首的，全国商会关于商会存废问题的大辩论。11月24日，上海总商会致函上海特别市党部商人部，对国民党第二次全国代表大会决议和中央商人部通告中取消商会的理由，逐一加以辩驳。该函首先指出：以革命经过的历史而论，国内资产家与国外有资力之华侨奔走革命为党国牺牲者，具在方策，历历可数。接着又列举商会领导商人进行外争国权、内改弊政、支持革命的历史事实，辩驳决议和通告所谓的商会被买办操纵，已失却领导商人之地位的论调。同时，又通电已被国民党占领省份的各商会，定于12月15日在上海召开各省商会联合大会，讨论商会存废问题，以图商人的真正意志得以有所表示，准备联合全国商会，共同抵制国民党撤销商会的主张，以求维护商会的原有法定地位。
　　12月中旬，各省商会代表大会如期在上海举行，到会的有江苏、浙江、福建、江西、安徽、湖北、湖南、广东、河南、四川10省的87个商会，144名代表。对于这次有关商会存亡的会议，全国各商会都非常重视，国民党方面也对此颇为关注。在会议开幕的那天，蒋介石和国民党中央执行委员戴季陶、实业部长孔祥熙、财政次长张咏霓，以及上海特别市各部门官员都出席了开幕式。蒋介石还亲自登台演说，特别指出：商业不能脱离政治，如近年来战事不息，商业经济颇受影响，政治也不能发展，可见商业与政治之间的连带关系，希望贵会联合讨论，如有意见，可以向政府提出，政府当无不予以容纳。孔祥熙也在讲话中强调：今后，如果中国也能像战后的德国那样，政府与商人之间上下一致，则必能取得可观的进步。他们的讲话，无非是暗示商会要与政府合作，服从政府的需要，企图压迫商会就范。
　　但是会议的实际进程并不像蒋介石等国民党官员们所希望的那样。这次大会的原定议题是：全国注册局问题、机制仿造洋货待遇问题、商事法令适用问题、废除苛征杂税问题、商会存废问题等5个方面，为避嫌疑而把商会存废问题放在最后。会议开始以后，在开幕的当日，就有浙江拱宸桥商会代表朱鸿逵提出，要求改变议事日程，提前讨论商会存废问题。他言词激昂地陈述了3条理由：“(1)商会本身问题不解决，何能议决各案；(2)多数商人均盼望此问题有所解决，如今不先开议，必使多数商人失望；(3)我们商人遇事不争，夫不争诚为美德，但现在环境，非奋斗到底实不足以图存。按照上述理由，鄙人以为，此项问题须先力争。”这一提议得到全体代表一致赞同，随即当场改变议程，首先讨论商会存废问题。
　　提交大会的有关商会存废问题的议案共计19件，一致主张商会必须继续存在。其中主要有：《上海总商会、县商会、闸北商会提议中央党部商人部拟于第三次全国代表大会提出请求撤销全国商会之议案应即一致力争案》、《南京总商会提出商会不能撤销之理由案》、《汉口总商会提出请力争商会不应撤销案》、《苏州总商会提议商民协会不能替代商会案》、《浙江杭县拱宸桥商会代表提议各商会应该存在和即时自动改组案》、《嘉兴县商会(对此次大会议题)意见书》。这些议案都以商会以往的实际活动、作用、贡献和组织性质，逐条辩驳了国民党中央商人部欲撤销商会的说法，言词尖锐，态度坚决。
　　如南京总商会的议案说：中央商人部将商人分为上中下三等，是强行分裂商会作为商人全员组织的整体性，是破坏团体的毒辣手段。还讽刺说：商人部诸公如果能对这种做法细加思索和考察，就难免会哑然失笑。而且指出：党和政府的一切党务、军事和政治建设问题，其经济来源大多要依靠商会筹集，如将商会取消，则革命的经济力量不免锐减。其言下之意是，如果取消商会，工商界将不再为国民党及其政府提供财政帮助，以此向国民党及其政府暗施压力。
　　又如嘉兴县商会的议案表示：旧有商会不但不必撤销，而商民协会已无存在之可能。至各地商会领导商人参加国民革命及与帝国主义者努力奋斗等种种过去历史，凡属国人莫不共见共闻，所谓失却领导商人地位者，未免抹煞事实厚诬商会!这必须加以辨明。
　　广州总商会的议案指出：商会是人民自动团结的机关，而不是政府统治商民的场合。政府如不想与商民合作则已，如想合作，又故意将代表商民的商会废而弃之，是犹南辕而北辙也，既要实行全民革命，就不能没有商人参加，因此，党部可以裁撤商民部，党内可以不要商人，但国家不能没有代表商民的商会。究竟是商民协会还是商会更能作为真正代表商民的机关，我们商民自有辨别的能力，应由我们商民自主选择，无须政府指定。实际上，商民协会很少有真正的商人加入和同情，并不能起到领导商人的作用，只有商会才真正具有领导商人的威信和能力。这番言词，不仅重申了商会存在与否应由商人自己定夺的自主自律性格，而且以商人与政府能否合作相要挟。不仅如此，该议案还提出，鉴于以前的中华全国商会联合会已经解体，应该乘这次大会之机成立一个新的全国商会联合会，以增强商人自救的力量。
　　在其他方面的议案中，也有关于争取商会参与国家商政的提议。如上海总商会甚至面对强权压迫，敢于在议案中提出：所有全国税收，除关税、盐税担保内外公债外，其余捐税，宜统交商会保管。并陈述其理由说：派公债、征赋税，商人所负义务最重，如果商民不能过问捐税，则中饱无从剔除，征收何能核实。对国民党政府的征税工作和税款保管公开表示不信任，企图与国民党政府分掌国家财政。
　　大会还组成商会存废问题议案审查小组，对这些议案进行审议归纳，最后写出审查报告提交大会讨论通过。审查报告认为：国民党中央商人部的撤销商会理由都不能成立，商会之存在有绝对的根据，无论何人及何种机关，绝对不能动摇商会之本身，只能改善，不能撤销。并提出三点改善方案：设各省商会联合会总事务所于上海，设各省分事务所于各省政府所在地，以便联合通讯，执行本会议诀各案，并得推举代表参与政府修改商事及与商事有连带之法制；把商会的领导体制由原来的会长制改为执行委员会制；会员不再仅限于男子，女子亦可参加。可见这个审查报告的结论，不仅完全否定了国民党中央商人部撤销商会的动议，而且显示了力图进一步加强商会力量，提高参政地位和扩大组织规模的意图。
　　这个审查报告最后由大会一致通过作为决议，一面递交国民党政府参考备案，一面自行付之实行，除了当场成立了各省商会联合会总事务所之外，各商会在散会返回后开始改变组织体制。
　　大会结束时，还发表了一份宣言书，其主要内容是：第一，希望商人们真正团结起来，不要被所谓的大中小商人之分所分化，以免听任宰割，听任榨取；第二，商界所最关心的劳资关系问题，迄今仍无一解决的办法，其原因在于各种条件均出于一方之要求，各种法规亦出于政府之独断；第三，希望商人积极参与政治，以符合全民政治的实际。不难看出，这则宣言的实质，一是号召全国工商界联合起来，抵制国民党政府的巧取豪夺；二是指责国民党政府平息“工潮”无方和独断专行；三是以全民政治为旗号，唤起工商界的参政意识，为实现资产阶级民主政治而努力。
　　这次全国商会代表大会虽然保住了商会的生存权利，但是它竟敢在蒋介石的鼻子底下公开唱对台戏，不能不引起蒋介石和国民党政府的恼怒，埋下了商会遭受强权控制的祸根。