日寇侵占广州、武汉以后，抗日战争进入了一个新的阶段。为配合我军发展敌后游击战争，1938年12月，党中央决定在敌后建立抗大第一、二两个分校。21日，两支队伍冒着风雪，从陕甘宁边区出发，突破敌人的封锁线，行军一个月，于1939年1月到达晋东南和晋察冀抗日根据地。
　　留在延安的抗大总校，根据中央的指示，于1939年1月15日至3月15日，进行了两个月的全面工作检查。通过这次检查，总结了学校三年来的工作经验，明确了今后的工作方针，加强了工作的薄弱环节，教育、团结了广大教职学员。抗大副校长罗瑞卿同志曾给这次工作检查以高度评价。他说：这次工作检查“可以说是一个破天荒的创举。”(《中国人民抗日军政大学简史》)
　　1939年6月1日，是抗大建校三周年。抗大召开了盛大的纪念大会。毛泽东、张闻天、陈云、王稼祥、刘少奇、邓发、李富春等中央领导同志亲临大会，对学校工作作了重要的指示。毛泽东同志号召抗大学员到前线去，到敌人后方去打击敌人、消灭敌人。会上，全体师生庄严地宣读了《抗大誓约》，表明他们坚决抗日的革命精神。朱德同志从山西前线寄来题词：“号召千万青年，走上革命战场，高举抗大旗帜，插遍整个中国!”(《中国人民抗日军政大学述略》)此外，抗大还举办了运动会、展览会，出版了《抗大三周年纪念特刊》和《抗大动态》等图书和刊物。
　　1939年6月20日，中央决定抗大总校也迁移到晋东南抗日根据地。7月10日，抗大总校和陕北公学等约五千人，共同组成了“八路军第五纵队”，在罗瑞卿、成仿吾等同志率领下，向华北敌后挺进。1940年2月到达晋东南的武乡县蟠龙镇。总校迁移后，留在延安的部分学员组成抗大第三分校，由原抗大教育长许光达同志任校长。
　　1940年4月15日，抗大总校第六期在蟠龙镇举行开学典礼。这是总校到敌后开办的第一期，彭德怀副总司令在大会上讲话。他要求抗大多造就些“铁军骨干”，为八路军、新四军的正规化建设，为把我军建成抗日的“铁军”，作出贡献。(《中国人民抗日军政大学简史》)抗大第七期，是在河北省邢台浆水镇开办的。这一期特别注重了各种正规化制度的建立，同时调整、精减了组织机构，编写、出版了大量教材，规定了新的学习制度，进一步提高在职干部的军事，政治和文化水平。
　　1942年，是华北敌后最艰苦最困难的年代。为了保存和培养干部，准备反攻，抗大第八期扩大招生，5月份开学。1943年1月，抗大总校奉命返回陕甘宁边区的绥德。原在延安的军事学院及抗大二、三、七分校，也与总校合并，共约六千余人。此时校长为徐向前同志，副校长何长工同志，政委李井泉同志。从八月份开始，抗大进行了一年零四个月的整风运动。此后，又组织了对党的“七大”文件的学习，为迎接抗日战争的胜利，打下了思想基础。
　　1945年8月，抗大第八期学员毕业，遂奔赴抗日前线，参加大反攻。同年10月大部分学员在何长工副校长率领下挺进东北，组成了东北军政大学。其他学员也分别参加了各大战略区的军政大学，开始了新的战斗历程。随着抗日战争的胜利结束，中国人民抗日军政大学胜利地完成了它光荣的历史使命。