一进参谋部院侧门，有一排四间平房，门朝西开的是图书室，门朝南开的两间是军委会议室。每周末，在此举行一次列会，参谋人员将一周中收集到的国内外军事情报报告给首长，供决策时参考。当时墙上挂着各种军事地图和图表，中外记者参观团和美军观察组成员均参观过。1946年3月4日，军事三人小组美方代表马歇尔来延安时也参观了这里。他看后觉得不可思议，说：共产党领导100多万军队，延安山沟里的统帅部却只有这么点儿大!毛主席说：我这个统帅部，只发布作战命令，其他什么也不发：要衣服没有，要钱也没有，要枪要炮也没有。他们确实发现，部队使用的武器都是从战场上缴获的和自己兵工厂制造的。
    当时在王家坪的军委机关有：军委秘书厅，李涛任秘书长，后改为军委办公厅，杨尚昆任主任；军委一局(作战部)郭化若、伍修权、边章伍、钟人仿、童陆生先后任正、副局长；高参室、外事组，杨尚昆兼组长，作战研究室、资料室、图书室等。
    总部机关有参谋部下设的五个科：作战科、侦察科、通讯联络科、管理警备科、教育科；总政治部下设的四个部：组织部，胡耀邦曾任部长。宣传部，萧向荣、舒同曾任部长。敌工部，王学文、李初梨曾任部长。锄奸部，吴概之任部长。
    除参谋部院的窑洞是原有的外，随着人员的增多，从 1939年起，先后扩建石窑洞9孔，土窑洞137孔，房210间。现在恢复保留的除以上开放的建筑外，还有总政主任王稼祥在花豹山腰住过的两孔窑、日本友人冈野进住过的两孔窑、总政宣传部的三孔窑、胡耀邦住过的两间房、李讷和保姆住过的两间房、机关合作社的两间房、军委通讯班的8间房、总务科的8间房、警卫班的两处7间房等。