1936年12月12日，“西安事变”爆发。16日，驻守延安城的东北军奉命南撤。东北军城防司令布士劳和红军围城司令签订了红军接管延安的协议。17日，延安各界群众自发组织起来围攻国民党延安县政府，国民党县长高景尚仓惶逃跑。当晚，群众捣毁了国民党县党部，并成立了延安各界群众抗日救国会。18日，红军从延安城北门举行入城仪式。红军入城后，成立了以王观澜任书记的工作委员会，以黄春圃(江华)为司令的城防司令部。23日，中央军委和抗日红军大学部分人员进入延安城。
    1937年1月13日，中共中央进驻延安。同年10月初，边区政府发布命令，指出：“延安市为边区政府所在地，关于市政、公安、防空、消防、卫生、建设等工作极关重要，特根据市民要求，组织延安市政府，受本政府直接领导。兼任命马南风同志为延安市市长，刘护贫同志为延安市公安局局长。”市政府成立后，驻延安城内凤凰山东麓的一排土窑洞内(今延安市中医院半山腰)。
    1938年4月，马南风到抗大学习，高朗亭任延安市市长。同年11月，延安城遭日本飞机轰炸后，市政府开始在南关建设新址。后即迁新址办公。
    1939年3月，高述先接任市长。
    1941年10月，李景林接任市长。
    1943年2月，延属分区专员曹力如兼任延安市市长，副专员马豫章兼任副市长。
    1944年后，马豫章任延安市市长。
    1946年3月，谢怀德任市长，姚安吉任副市长。
    1947年3月，延安市政府机关撤离延安。1948年4月延安光复后，市政府又迁回延安。1949年2月，延安市和延安县合并，市政府降为区级。1954年4月，延安市政府改组为延安县城关人民政府。
    延安市政府成立后，全市分为东区、南区、西区和中区。1938年11月后，中区撤销，成立北区。1946年7月，延安市西区和北区合并为西北区。市政府下设一科(财政科)、二科(民政科)、三科(文教科)、四科(建设科)和延安市公安局、延安市地方法院。
    延安市政府旧址，现存石窑10孔，位于市场沟口南侧，由延安市委机关使用。