药王殿、马王殿分别位于大拜殿两侧，东为“药王殿”，西为“马王殿”。两殿均由前殿和后殿组成，面阔三间，同样以各种木石雕刻图案作装饰，雕工细腻。
　　因当时赊店镇以药材生意为大宗生意之一，建药王殿内供奉同乡唐代医学家孙思邈，同时商人也希望自己能健康长寿。药王殿的额枋、雀替、内檐等处都以高浮雕结合透雕的方法雕刻上画卷、宝剑、如意、拂尘、古琴等“八宝”图案做装饰。殿内东西墙壁各嵌置一石匾，上分别刻“宗黄”“武岐”四字。历史记载岐伯是黄帝时医德高尚的名医，《黄帝内经》正是黄帝与岐伯在探讨医理时的对话录。所以古人称医学为“岐黄之术”。在这里孙思邈效法岐伯医术的同时更敬重岐伯高尚的医德。
　　清代山陕商人疏通的商道中“万里茶路”最为著名，山陕商人将福建武夷山的茶叶，经水路运至赊旗店，再转骡马北上运至张家口后，转骆驼运输至圣彼得堡及欧洲各国。这条“万里茶路”最主要的中转站就是水旱码头“赊旗店”。商人为了商道畅通、财源广进，在山陕会馆内设“马王殿”供奉“马王爷”。殿内雕刻装饰充满力感。