秦岭有国家I级保护植物4种，国家Ⅱ级保护植物12种。如独叶草、华山新麦草、秦岭冷杉、太白红杉、红豆杉属、连香树、翅果油树、水青树、水曲柳、香果树等，均是国家重点保护的珍稀植物。特别是国家Ⅰ级重点保护植物华山新麦草仅分布于华山地区，是重要的急需保护的农作物野生亲缘种。陕西地方重点保护植物共59种，而在秦岭分布的就有51种。