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　　字兆坤，号春奉宇，明泾阳(今本县)人。万历癸未年(1583)进士。幼年聪明颖悟，师从魏学曾求学时，侍立终日，毫无倦意。授职光山(今河南省光山县)知县。光山出产葛麻，被列为岁贡之物，百姓深受其累。他招募工匠专自织造，然后直接上解，百姓受益。又设立义仓，存谷六万八千余石，作为应付灾荒等不测事件的储备粮。当地有一种酷肖传说中祥瑞之物麒麟的怪兽，并不将其视作瑞兆。有一名宦官出行，过光山时发现该物，于是画图呈览，皇帝知道后很生气，责令使者献瑞，牛应元回答说：“国家以民和年丰为瑞，麟而瑞，谀也!小臣死不敢谀上，是之。”不久考授四川道监察御史，督察两浙盐务。他力斥奸徒，革除流弊，盐政为之一清。巡察应天(今江苏省南京市)时，正值掌权太监一党开矿牟利，凌辱压榨当地富户，他抓捕为非作歹的党徒，绳之以法。后升大理丞，再升大理少卿，后来晋升中丞，巡抚南赣(今江西省南部一带)，整饬军务，考核将领，选拔人才，禁止贿赂。闲暇时为诸生立文社，在无拘无束地质疑问难、热烈切磋间，诸生都已忘记他是一位爵高位尊的朝廷重臣，而将他看做是一个学识渊博、诲人不倦的良师益友。后以老病准予休假归乡，离任前将积存的税金全部封存，充作国库收入。居家十余年，陕西主政诸官竞相举荐，被重新起用，先任南大理寺正卿，不久又升职北刑部右侍郎，再迁刑部左侍郎。经再三上表请辞，被准予卸职归乡。回到故乡后，闭门不出，一心著述，撰有《四书质言》《会真录》《侍御疏稿》等住房建在河道两侧。有人向他暗示说，只需丈量河道旧岸界限，就可坐收数万金，言下之意是若以勘界、清障为名，拆毁建在河道旁边的不合规则的住宅，就能收到罚金或贿金。他回答：“岂忍计利而毁人成业!”百姓们都钦佩他设身处地、为民着想的品德。曾任荆州府(治所在今湖北省江陵县)知府。