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　　如前所述，药王山寺庙修建，见于文字记载者，最早为唐宝云寺、昭阳庵、石佛洞及宋建祟福观。但自北宋末叶，道教中兴，以绝对优势压倒佛教，几乎独占了五台胜境。原存南庵与北洞的140余通碑石，上自北宋，下迄民国，绝大多数都是修庙记和助缘碑，创修相继，历代不衰，其庙宇建筑，除升仙、显化二台比较集中外，起云、瑞应、齐天诸台也各有庙。
　　唐
　　建宝云寺于齐天台。
　　开元十一年(723)二月，京兆府兵曹参军卢涣为其妻崔氏敬造石佛像八龛十一尊于石佛洞<见摩崖造像《题记》(以下简称“题记”)。
　　贞元十九年(803)，于石佛洞造座佛一尊(见《题记》。
　　五代
　　后梁龙德三年(923)，吏部常随华原县王小小造阿弥陀佛像一尊于石佛洞(见《题记》)。
　　北宋
　　大中祥符四年(1011)正月，于石佛洞造像3尊(见《题记》)。
　　嘉祜四年(1059)，邑人万俟景“每游真人故宅，观其遗迹旧基，慨然有感。乃备私钱，基构堂宇”，建起药王山第一个孙真人祠(见金大定九年重刻北宋元丰四年《耀州华原县五台山孙真人祠》碑)。
　　崇宁二年(1103)三月，知州王允中莅任，“适境内经时不雨”，亲率僚吏祈祷于真人祠，“即获甘雨三尺，合境告足”，遂上书朝廷，爱请敕赐庙额，井予褒崇。同年八月，徽宗敕赐庙额为“静应”。翌年二月，敕封孙思邈为“妙应真人”。三月，王允中以静应庙“祠宇卑陋，仅庇风雨”，命华原令张鲂鸠工修葺，“于是栋宇之制，始称其嘉”(见崇宁《感德军五台山静应庙额敕并加号妙应真人告词》、《耀州五台山静应庙记》碑)。
　　政和三年(1113)，杜机等于石佛洞造菩萨坐像一尊(见《题记》)。 
　　金
　　大定元年(1161)，本州禅院长老东公，于石佛洞造佛像十二尊(见《题记》）。
　　九年(1169)，重修石佛洞，并塑观音像(见《题记》)。
　　十七年(1177)，道士张林创建览胜亭于太玄洞前(见清康熙二年《重修五台山太玄洞一天门记》碑)。
　　蒙古
　　世祖中统元年(1260)，建吕真人祠于静明宫，弟子李道济立碑记其事(见《吕公先生之记》碑。
　　元
　　至大二年(1309)，创建伏鲁子韩真人祠于升仙台(见《月山伏鲁子祠堂记》碑)。
　　明
　　正德八年(1513)，重修石佛洞殿宇4楹(见《题记》)。
　　十三年(1518)夏，钦差镇守陕西太监廖鸾伊，捐俸银五十两扩修孙真人庙，又作碑楼于庙前，以报谢孙真人为其侄锦衣千户寥恺梦中治病(见同年《重修孙真人庙洞之记》碑)。
　　嘉靖十六年(1537)，扩修太玄洞，并创修一天门前石磴(见《修太玄洞碑文》)。
　　十九年(1540)，知州温秀刻立《孙真人药方》碑。清代磨刻其阴，今存药方诗六十三首。
　　二十一年(1542)，刻立《孙真人进上唐太宗风药论。孙真人九转灵丹·神仙鸡鸣散》及“历代名医神碑”。
　　二十三年(1541)，重修孙真人祠殿。秦王朱守中命内相张沂捐金马若干，于殿前展地砌基，增塑三清、四帝、二后及诸神像(见《重修孙真人祈嗣神殿记》)。
　　三十年(1551)，韩府国主妃韩氏、刘氏因前次来山祈嗣，“果得弄璋之喜”，逐施白金重修静明宫殿宇、门庭(见《重修静明宫殿门记》碑)。
　　三十七年(1558)，北洞道士赵演斌、董寅济等，于太玄洞前重建真人“祀殿一大楹”。并由邑人左思敬作祀神曲五阙，“使道士歌以祀之”(见《孙真人祀殿记》)。
　　四十年(1561)，刻立《孙真人四盲古诗》及“五台山守碑”。 
　　四十一年(1562)，河东居士武政，以齐天台玉皇殿倾覆殆尽，募化重修，“修大殿一楹，肃肖其象”，又“周以垣墉”(见《重修五皇殿记》)。
　　四十三年(156i)，重修三十四年因地震倒塌之静明宫，并塑绘三清神像(见隆庆元年《五台山静明宫记》)。
　　隆庆元年(1567)，邑人左轮督工，于太玄洞门创建重阁及三官殿（见清康熙二年《重修太玄洞一天门记》）。
　　二年(1568)，道士赵演斌创修北洞道院“房厦各数楹，穴居数区”(见《创修道院穴居记》)。
　　六年(1572)，秦王守中刻立《孙真人枕上记·孙真人养生铭·海上方>)及《千金宝要》碑。
　　万历十九年(1591)，邑人辛志登以旧圣母祠去太玄洞较远，香火萧索，无人主持，遂于近洞处选一幽境，自出财物，新建集禖宫一座。宫以山势分三层建：上层殿三楹，祀圣母，匾曰“育胤”。中层殿一楹，奉观世音，匾曰“锡胤”；傍为廊厦四楹，东西道院三所，厦十楹。下层移置旧殿三楹，奉海上张仙，匾曰“保胤”；又三楹奉旌阳许真君，匾曰"启胤”(见《新建集禖宫记》)。
　　二十七年(1599)，知州王衮创建一天门，四周砌石，卷洞砌砖，(清康熙二年易砖以石)邑人王图额题“灵祐门”三大字(见《重修一天门记》碑)。
　　崇祯四年(1631)，改石佛殿为石佛洞，以为久远之计(见石佛洞清乾隆五十八年《重修石佛洞碑记》)。
　　清
　　顺治八年(1651)，吴三桂自金明(今安塞县)南下，列营漆水河畔，与耀州吏目吴恩登山谒孙真人祠，并赐银修庙。时因兵燹，道士逃亡，遂由吴恩主持修葺，庙貌一新(见顺治十年《东山辑修殿宇碑记》。)
　　十五年(1658)，邑人左佩玹以山上“久缺一图”：请仁和张育岱绘制五台山小图，由其子重耀砻石督刻(见南庵《耀州五台山宫殿记》)。
　　康熙二年(1663)，三原县南关信士姜尊周等，重修南庵及北洞殿宇、神像，并建四帝、灵官诸殿(见《耀州五台山宫殿记》)。
　　五年(1666)，甫庵静明宫及瑞应台真武殿、齐天台玉皇殿全面修茸一新。按此项工程始于顺治十二年，历时十二年之久，为南庵及其附近最大的一次修建。其中南庵重建工程有三门、仪门、玄元殿、三清殿、真人座殿、献殿、五祖殿、三官殿、三法师殿、崇真祠、钟楼等。改建工程有灵官祠、土地祠、马祖祠。创建工程有帝后祠、伏虎祠、文昌阁、石门等(见《重修升仙台宫观记》碑)。
　　二十六年(1687)，于一天门前创建灵官殿一楹，为真人“护法”(见《创建灵宫神祠碑记》)。
　　四十六年(1707)，五十五年(1716)，重修圣母殿五楹及集禖宫正殿(见《碑记》)。
　　乾隆六年(1741)、十七年(1752)、三十年(1766)、三十二年(1767)、三十五年(1770)、四十三年(1778)，先后扩建集禖宫韦驮殿；重修山神庙、王母宫，集禖宫汤房，太玄洞汤房楼及灵宫殿、土地祠、戏楼、通元桥墙；增修集禖宫许真君、张仙祀殿(各见《碑记》)。
　　四十六年(1781)，以募化布施银四百余两，全面整修北洞，历年翌年竣工。计重修十大名医殿五间并庄严神像。又修过峰楼三间，东汤房三间，荷亭三间，钟楼上汤房一所，并石盆水道、墙壁、院内铺砖、各殿门窗油漆等。又于一天门外东涧畔新修木牌坊一座(见《重修十大名医神殿并过峰楼暨诸工碑记》)。
　　四十九年(1784)，大修静明宫，覆新瓦于寝宫，移旧碑于献殿，起卷洞，砌女墙，金饰塑像，且于门楼重塑魁星、菩萨像，所费“四百余金”(见《重修静明宫孙真人殿碑记》）。
　　五十三年(1788)、五十五年(1790)、五十八年(1793)，相继重修太玄洞救苦天尊殿、太白殿、三官殿及石佛洞(各见《碑记》)。 
　　嘉庆四年(1799)、八年(1803)、十三年(1808)、十五年(1810)，重修山神庙及照壁、栏墙，创建北道院南殿，重修通元桥及戏楼(各见《碑记》)。 
　　十九年(1814)，重修北洞享殿、敞亭及洞左三官殿、西南抱厦。重修南庵山门，补修文昌阁及围墙。又修遇仙桥(见《耀州太元洞重修诸工记》)。
　　道光三年(1823)、四年(1824)、十三年(1833)、十五年(1835)、十六年(1836)、十九年(1839)、二十三年(1843)、二十六年(1846)，重修紫气宫南房，重修三皇庙、灵宫殿，于西玄门外创建文昌阁及火神祠，重修元坛殿、清静宫、土地庙、遇仙桥等(各见《碑记》)。
　　咸丰六年(1856)、十年(1860)，重修通元桥戏楼、集禖宫(各见《碑记》)。
　　光绪二十年(1894)，创建元坛祠(见《创建元坛尊神祠碑记》)。
　　民国
　　民国时期，药王山屡遭兵燹，毁坏严重，仅在十四年(1925)整修过一次静明宫(见《重修静明宫碑记》)。
　　解放后
　　解放后，中国共产党与人民政府重视文物保护工作，成立专门机构，多次进行整修扩建。1959年，省文化局一次拨款八万元，在西北建筑设计院、西安油漆彩画社协助下，重点整修了药王大殿、石佛洞及其它270余间庙宇。但在十年浩劫中再遭破坏，殿宇被毁70余间，古柏也被乱砍滥伐，损失严重。中共十一届三中全会后，药王山重获新生。十年来，国家及地方先后拨款150余万元，修复古建殿宇20余处，新建碑林一座，新修环山柏油马路一条。并在加强古柏保护的同时，栽药种花，为实现药王山绿化、药化、美化奠定了基础。其重点修建如下：
　　1982年，修建并油漆彩绘南庵魁星楼及七间殿。又砌北洞石墙及南北古建筑群排水渠20条，总长1784米。 
　　1983年，重修南庵金建古殿，恢复进山路旁明清石牌坊四座。
　　1984年，修复吕祖庙石刻陈列室及因雨塌毁的殿宇并一天门外护神殿、山神庙、土地庙及东道院厢房。整修南庵、遇仙桥、通元桥及戏楼。重修一天门石磴，新补两侧石柱63根、石栏板47块，同时，新创建赤兔马石刻保护厅一座。
　　1985年，建南庵碑廊15间、210平方米，使院内散置48通碑石得以安全保护。整修南庵石磴及北洞至石佛洞道路，以利游人安全。又将城内一座清代建筑迁置北洞紫气宫，作外宾接待之用。
　　1986年，新建石佛洞仿唐结构保护大厅，总费用24万余元。
　　1987年，于集禖宫旧址创建仿明结构碑林一座，计展厅8间，廊房49间，总建筑面积850平方米。又于醉翁石旁创建木结构彩绘六角亭一座，供游人憩足。
　　1988年，建石塔亭一座，保护魏宏达造像浮图。内外彩绘，美观大方。