据有限的考古资料分析，至晚在元魏时期，即大魏二年（558）法门寺就已建塔成寺。但这只能证明法门寺北魏有过建塔寺之举，但不是建塔之始，更不是法门寺输入佛教之始。所以，法门寺瘗埋佛指舍利的时间上限应提前，或许是东汉末年，即与佛教东传同步。

    东汉佛教初传，举步艰难。至魏晋南北朝时期佛风渐盛，法门寺佛指舍利也渐渐为众所瞩目。东晋十六国时代，北方的少数民族统治者大都信奉并扶植佛教，割据华北的后赵石勒、石虎就是早期的代表人物。他们尊奉来自西域的高僧佛图澄，大力发展佛教，并正式允许汉人出家。佛图澄以精通异道之术而著称于世，曾主张修正戒律，甚至还参与军政大事。在他的教化影响下，使佛教开始逐渐摆脱过去对黄老学说和神仙方术的附庸地位，走上了独立发展的道路。在佛图澄之后，经过著名高僧道安、慧远、鸠摩罗什等人的努力，终于为中国佛教的独立发展奠定了坚实的根基。

    这一历史时期，域外高僧纷纷来华传法，中土僧人也西行印度求法。

    法　显（？~约422）：东晋西行印度求法的著名历史人物，著《西游天竺记传》，对后来去印度求法的人起了很大的指导作用。

    佛图澄（232~348）：西域人，本姓帛氏，见识超群，学识渊博，能诵经十万言，热心于讲解佛经，前后授徒近万人，是当时著名高僧。《高僧传》说佛图澄善于神异，在当时社会里，他这样作是一种方便法门。

    鸠摩罗什（343~413）：龟兹人，先后在西域、长安传教，被龟兹和后秦姚兴尊奉为国师，是为中国大乘佛教的奠基人。

    慧　远（334~416）：晋雁门楼烦（今山西崞县）人，开创以念“阿弥陀佛”为特征的净土教。

    东晋十六国时，佛教传播在中国得到正真的大发展，诸少数民族入主于包括关中在内的黄河流域，扶植佛教。鸠摩罗什在后秦时被后秦国主姚兴迎入长安；著名高僧道安与弟子慧远，在南北佛教事业的开拓方面大展宏图；到5世纪后半期，由国家皇室之力所造的大型石窟显现于世。“真容巨壮”的云冈石窟和“宝相瑞光”的龙门石窟相继完成。敦煌莫高窟是举世最大的石窟群，保存了4世纪到14世纪1000余年的佛教文化艺术，珍贵无比。佛教在此时已高度发展。

    由吴黄武三年（224）到北周武帝宇文邕天和年间（566~572）300余年里，在风起云涌的传播佛教潮流中，西域高僧不断来华，扶风法门寺为这一潮流的要冲，得风气之先，佛教至此已传布民间，各村寨竞相建寺。

    北魏时，上自皇帝，下至贵戚大臣，州郡牧守，倾心崇佛，大做“功德”之事，除于高山秀阜开凿石窟佛寺，在民间广建寺塔之外，为不断发扬佛教的形迹，让佛教传遍中国，在帝后礼佛的同时，动用皇权，以国家和民族的形象，追本溯源，开示佛之舍利，供养佛祖。

    此时，法门寺所安奉的佛祖释迦牟尼真身指骨舍利受到元魏王朝的高度重视。元魏二年（５５５）北魏皇胄岐守拓跋育“初启塔基，肇申供养”，开王朝供养法门寺佛指舍利以弘扬佛法之先河，法门寺名声大振，成为中国四大佛教圣地之一。

    北周时，皇室宗亲自宇文泰到宇文觉常来法门寺降香礼佛。北魏太武帝拓跋焘于太延四年（４３８）、太平真君五年（４４４）下令禁佛，北周武帝宇文邕于建德三年（５７４）五月十七日颁布禁佛诏令，法难波及全国，法门寺未能幸免，大部分僧人还归编户，部分逃匿，还有一部分被禁锢于太白山九林寺。

    隋文帝扬坚（５８１~６０４在位），取代北周建立了大一统的隋朝。他不仅在确立中古时期的各项政治、经济、军事制度上有所作为，还对中国佛教的发展起了决定性的作用。

    仁寿元年（６０１）六月十三日（文帝60岁生日），仁寿二年（６０２）正月二十三日，仁寿四年（６０４）四月八日（佛诞日）三次下诏分舍利１１３州，全国同时创建数目相同的舍利塔安奉。

    仁寿元年六月十三日隋文帝６０岁生日首先开列２８州２８寺立佛舍利塔，第二位便是岐州法门寺西北20余里的凤泉寺。此时法门寺独树一帜，总摄成实道场。隋仁寿末年，岐州郡牧李敏修葺法门寺，并“继开灵趾，咸荐鲜花”。

    有唐一代。尊奉法门寺佛指舍利为护国真身舍利，敕命宏建地宫供养，重修佛塔，扩充寺域，建瑰琳宫二十四院，御令广度僧尼，皇族每每在这里以身事佛，法门寺升格为皇家寺院。先后有高宗、武后、中宗、肃宗、德宗、宪宗、懿宗、僖宗等８位皇帝每隔３０年开启法门寺地宫，以宝帐、香舆、幡、幢、盖迎佛指舍利于长安洛阳皇宫供养，并饰以金玉、锦绣、珠翠等，集历代事佛之大成。