维吾尔语史研究

　　1644年，清军入关，清朝取代了明朝。准噶尔部的噶尔丹自立称汗，1697年，噶尔丹被清朝击败后自杀，其子策妄阿拉布坦一度归属清朝。噶尔丹死后，原叶尔羌汗国的许多地方由畏兀儿世袭的封建家族统治。哈密、吐鲁番等地先后归附清朝，并共同与对抗清朝的准噶尔展开斗争。
　　1700年，策妄阿拉布坦因阿帕克和卓之孙阿合玛特自立为汗，将其囚禁于伊犁。阿合玛特有二子，即大和卓和小和卓，大和卓名波罗尼都，小和卓名霍集占。1754年，策妄阿拉布坦因与达瓦齐争权，又投靠清朝，1755年，清朝趁机出兵，俘获达瓦齐。旋即接受阿克苏、乌什等地阿奇木伯克的建议，清朝释放了大、小和卓，让他们服从清朝的管辖，作为维吾尔族首领，统治天山以南的维吾尔地区。1757年，小和卓霍集占称巴图尔汗，反清。经过一年多的战争，清军于1759年攻克大小和卓所据的库车、阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌。巴图尔汗国亡，大、小和卓逃到巴达克山。在清朝的压力下，巴达克山的素尔坦沙将两和卓俘获杀死。
　　此后，清朝停止了维吾尔族伯克世袭制度，限制了阿奇木伯克的部分权力，又设伊犁将军总统新疆南北两路事务，任命参赞大臣、办事大臣、领队大臣，分驻“回疆”各城。同时，减轻了各民族人民的经济负担。但因某些清朝官吏和各地封建领主欺压维吾尔百姓，曾发生乌什事件、孜牙敦事件，均被清军镇压。
　　19世纪，又先后发生大和卓之孙张格尔和阿古柏入侵新疆之变。
　　张格尔原流亡于中亚浩罕国，1826年，因清朝官吏欺压百姓，他利用维吾尔人民反抗的情绪，带领布鲁特人侵入阿图什，鼓动“白山派”起来“圣战”。他短期内占据了喀什噶尔、叶尔羌、英吉莎、和田等“西四城”。但他的目的不是要解救人民的痛苦，而是从清朝手中夺取他祖先的封建领主特权。所以当他占据西四城后，即乱杀无辜人民，掠夺财物，贪淫享乐，强迫15岁以上男子一律当兵。维吾尔人民认清了张格尔的真面目，很快就唾弃了他。同年秋，清军从阿克苏进军，收复西四城，张格尔逃回浩罕。1828年，张格尔最后发动了对新疆边卡的骚扰活动，但反而遭到“黑山派”人民的反对，最后他战败逃到喀尔铁盖山被擒。同年夏，张格尔被槛送北京处死。
　　1864年，柯尔克孜族首领思的克利用农民起义的力量夺取了喀什噶尔回城，并在此称王。思的克请求浩罕将大和卓波罗尼都的后裔放回，并给予军事援助，浩罕派其官员阿古柏和波罗尼都之曾孙布素鲁克前往喀什噶尔。
　　1865年，阿古柏侵入我国境内，他利用群众对和卓的信仰，将布素鲁克扶上汗位，又将思的克等逐出喀什噶尔。阿古柏占据喀什噶尔后，又陆续攻占了英吉莎、叶尔羌、喀什噶尔汉城。同年年底又以欺骗手段占据了和田。1867年，阿古柏先后占据了阿克苏、库车、喀喇沙尔(焉耆)，并自称“巴达吾来特哈孜”。浩罕汗还赐给他“阿塔勒克哈孜”的称号。1869年他将布素鲁克汗赶下台，以朝觐为名，逐出新疆。历史上称阿古柏政权为“哲德沙尔”(意即“七城”)
　　1870年，阿古柏继续东进，虽然在吐鲁番、乌鲁木齐等地遭到维吾尔族和回族人民的抵抗，但最后仍占据了这些地方。
　　阿古柏侵略新疆，将英国、俄国在中亚争夺殖民地的斗争引入我国边疆，阿古柏与英国互派使节，签订条约。阿古柏得到英国的承认；英国得到在新疆自由经商和减轻关税等权利。由于阿古柏的入侵，俄国为了维护在中亚的殖民利益并与英国对抗，于1871年悍然出兵侵占我国新疆伊犁地区。阿古柏还与俄国签订条约，得到俄国的承认；俄国得到在南疆的经商权利。
　　阿古柏在新疆实行落后的专制制度，各级官吏向封地的劳动人民横征暴敛；打着宗教的旗号统治人民，支持宗教头目，扩充其权力，聚积财产，随意管制、处罚教民，残暴迫害异教徒。所以他的政权逐渐遭到各族人民的反对。
　　1875年，清朝政府授左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，开始收复被阿古柏侵占的地区。按照“先北后南”“缓进速战”的方针，于1876年先后收复了哈密、乌鲁木齐等地。1877年，收复吐鲁番后，阿古柏自杀，同年，其次子哈克·库里被杀。此后，清军陆续收复了喀喇沙尔、库车、阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌等地。阿古柏之长子伯克·库里逃入俄国境内。阿古柏政权覆灭。1878年2月，收复了和田。经过一年多的战争，清军在新疆各族人民的支持下，收复了除伊犁以外的新疆其他地区。直到1882年，沙俄才将伊犁归还清朝政府。
　　19世纪中叶以来，由于清朝政府衰弱腐败，无力面对帝国主义的侵略，俄国威逼清朝签订了一系列不平等条约，割占了我国西北的领土，在新疆各地设立领事馆，垄断贸易，甚至干涉我国内政。英国也在新疆南部设立领事馆，取得了商务、贸易的特权，把新疆当作他们的市场和原料供应地。德、美等国经济侵略的魔爪也随之伸入新疆。