当人们走进龟兹地区石窟寺时，立即会被琳琅满壁、色彩协调、优美动人的壁画所吸引。一般说来，在石窟寺艺术中，雕塑是洞窟的主体，壁画是它的补充和延续。遗憾的是，龟兹地区的雕塑大都毁坏于宗教战争中。不幸中的万幸是，龟兹壁画幸免于没有全部毁灭。战争过去，历史推移，留下了绚丽多彩的壁画。
在龟兹地区早期壁画中，最常见的题材是佛本生故事与佛传故事。本生故事多绘于壁顶，佛传故事则绘于四壁或中心柱窟的两侧或后壁。同时期的本生故事画与佛传故事画，常常有着相同的处理手法与特征，而本生故事画则具有更丰富的内容与变化。佛本生故事画，主要表现内容是：释迦牟尼佛在前生无数次轮回转生中，曾做过国王、王妃，王子、婆罗门、商客、仙人、苦行者和各种动物。他为求授法和救助他人，不惜抛弃自己的一切，包括地位、财产、妻儿乃至自己的肢体与生命。
据巴利文佛经记载，佛本生故事共有547个，涉及面较广，所要表现的内容也较多，现在所能识别的就有好几十种。这些故事大致可以分为以下几类：
第一类是以“施舍”为主题的。克孜尔第17、38、114、198、212窟画有“割肉贸鸽”图。讲的是尸毗王誓求佛道，天主帝释为了试他是否有诚意，就让羯摩天化作鸽子，自己化作鹰，追逐到王所，向尸毗王索取小鸽子为食。为了救护鸽子，尸毗王决心用与鸽子等量的身肉施鹰，可奇怪的是尸毗王割尽了全身的肉也没有鸽子重，最后他便将整个身体作为抵偿。大地震动，尸毗王的行为终于感化了天地诸神，帝释以神力使王身肉还复。这个故事的画面多作鹰追鸽向王飞去，王伸手救护鸽，一人执刀割王股肉。还有的作一人执秤，秤的一头置鸽，一头为脚登秤盘的王，地上蹲一鹰。有的画而上同时绘有尸毗王救护鸽与举身上秤两个场面。
克孜尔第7、8、17、38、47、58、91、100、114、157、178、184窟的“舍身饲虎”图，讲的是摩珂萨陲王子与两位哥哥相携漫游林间，看见一只母虎产子，母虎饥饿难耐，又无力觅食，就想食它刚生下的幼子。摩珂萨陲见状顿生怜悯，决心牺牲自己，救虎生命。于是避开两位哥哥，投身虎前，让一人虎二小虎噬食他身上的肉。我们所见的画面多绘作摩珂萨陲从高处投下，横身虎前，一大虎二小虎噬食王子身肉。有的仅画出大小二虎或一大虎。另外还有“以钉钉身”、“以眼施人”、“须大拿”等等。这类故事都是宣传不择对象地“施舍”、“牺牲”。
太子舍身成佛在现实中是不会有的，它的意义在于教育人们向善，行善必有善报，为佛献身也会成佛。现实中虽然没有人会这样做，但灵魂和行为却已受到影响，人接近圣洁，灵魂也会变得更加美丽。
第二类是以宣扬“仁智”、“信义”为主题的。著名壁画“狮王本生”、“猴王本生”、“鸽王本生”、“鹿王本生”等，都属于这一类。克孜尔第13、14、17、38、99、101、114、163、171、178、224石窟表现的是狮王本生故事。有一个狮王，力护诸兽，深得众望。有二只猕猴，远行觅食，把自己的小猴托付给它。鹫王趁狮王睡眠之时，抓取了猕猴之子。狮王恳求鹫王放了小猴，鹫王却要狮王舍身。于是狮王奔至高处，准备舍弃自己的生命。狮王的行为使鹫王感叹不已，归还了小猴子。画面画作一只猴子双手合什，跪于披满长鬃的狮子前，狮子高仰着头，右肢弯至颈部，作出慷慨应允的请求姿势，空中一只鹰抓住一只小猴。
克孜尔第14、38、91、98、100石窟表现的是鹿王本生故事，内容为波奈罗国王出猎，被围捕的众鹿四散逃奔，死伤甚多。鹿王非常难过，请求国王准许它每日选一鹿，以供厨宰，国王依许了。后来轮到一个怀孕的母鹿，母鹿企求分娩后再死，鹿王又请国王准许它以身相代，国王被鹿王的舍身精神所感动，为此下诏禁止杀鹿，并以御苑为鹿的居地，称鹿野苑。画面多绘作国王座前跪伏一只鹿，乞请代母鹿而死。有的作一鹿跪伏于执剑的国王前，旁边是立于火上的三足鬲。这些故事表露出群众对善恶的判断，对“舍己为人”、“慷慨牺牲”的歌颂。
第三类是以“孝友”为主题的，如“须阇提本生”、“善友本生”、“睒变”等。克孜尔第8、13、38、114石窟表现的即是须阇提本生故事，讲的是特叉尸体利国大臣篡国弑君，王子修婆提罗致夫妇携幼儿须阇提逃奔邻国，途中迷路，粮食断绝，王子忍痛想杀他的妻子用来济命，须阇提劝父亲割他的身肉充饥。就这样每天割肉，身上的肉虽渐渐减少，却仍然没有抵达目的地。为了不成为父母的累赘，须阇提决意留下，并且让父母割尽他全身的肉，分作三份，两份供父母食用，一份留作自用，以维持生命。当父母忍痛离去后，须阇提至诚发愿，要持此功德，以求佛道。帝释化作乞儿来求肉，须阇提乐而相施。帝释又化作禽兽来食其身，须阇提亦心生欢喜。帝释见他矢志不渝，就施法使须阇提身肉生还。邻国国王见须阇提如此至孝，深为感动，就发兵诛灭叛臣，护送须阇提父子回国继位。每一画面皆作一妇肩儿在前，一人于后举剑欲杀其妇，小儿反顾以手劝阻。这类宣传“孝友”的故事由于与中国儒家的伦理观念相符合，流传的面甚广，延续的时代也最长。
第四类是以“持戒”、“感应”以及其他一些情节来宣扬佛教信仰的，如“沙弥故事”、“商主本生”、“大光明王本生”、“一角仙人”等。
这几类本生故事大多是宣扬不择对象地“施舍”、“忍辱”，把“容忍”、“牺牲”夸大到超情理、越是非的程度，这在阶级社会里是有利于统治者的，因而为统治阶级所宣传利用。另一方面，这些佛教故事，多是采用民间的传说、故事渲染而成。因此，在文学表达上也常常充满着真实的感情。而且，其中一部分也在一定程度上反映了当时人们的善恶判断与爱憎，同时也流露出他们处于痛苦生活中而对未来产生的美好愿望。
用可视的形象来表现佛本生故事，这种艺术形式比较早，在印度山奇、巴尔胡特等地佛教建筑物上，可以看到不少属于公元前2～3世纪取材于佛本牛故事的浮雕，有的还标出了佛本生故事的名称。之后，在印度的石窟和我国新疆石窟、敦煌莫高窟的北朝石窟中，也都相继出现了许多以佛本生故事为题材的雕刻和壁画，但就北传佛教地区来说，规模都不及克孜尔石窟。这种将佛转世前的事迹绘于洞窟顶部，使佛众仰视才能看到，制造一种崇高、神秘和具有威慑力的气氛效果。如此不厌其烦地用壁画这种艺术形式宣传佛今生和前世的事迹，歌颂佛的德行，烘染佛的崇高，目的就是要求信徒们要像佛那样，在今世和累世修行积德，种下善业，以成正果。这与龟兹佛教长期主要宗学小乘说密切相关，是有部特定学说思想的形象反映。
根据《异部宗轮论》记载，小乘说一切有部在学说思想上有一个显著的特点，那就是认为世上一切法(包括有为法和无为法)不仅均有实体，并且还在过去、现在、未来的一切时间内存在，即所谓“过去未来，体亦实有”。与之相对应，他们在对佛的看法上，也认为佛出世有先后，一世只有一佛，过去曾有六佛(毗婆尸佛、尸弃佛、毗舍婆佛、拘留孙佛、拘那含佛、迦叶佛)，现在有释迦牟尼佛，未来有弥勒佛菩萨授记成佛。现在的释迦牟尼佛是有生身之人，与普通人一样，有生死烦恼，有苦乐感受，他之所以能超凡入圣，不再受轮回之苦，是因为前世“经于无数劫，修行百千种难行苦行，渐积聚六波罗蜜多”。现世又厌世疾俗，抛弃王族生活，严格出家修道，一心欲求涅槃的结果。
由于小乘学说一切有部在三世佛中突出的是现世的释迦牟尼佛，强调他是经过旷劫不息的累世修行者，善因具足才垂成正果。作为龟兹佛教艺术代表的克孜尔石窟，必然要运用壁画的艺术形式，描绘他在降诞前的亿万年中，如何反复转生为各种生类，从六度的各个方面，成就种种善业功德的情景。渲染这一神奇的经历，以显示本部的学说思想。要达到这一目的，势必要选用大量的画面才能奏效，再加上年复一年的绘制过程中，不断地增补扩展，从而使佛本生故事画蔚为大观。小乘佛教说一切有部主张成佛要经过个人长期艰苦地修持，甚至还要做出砍头挖眼、斩截肢体和投崖赴火之类的牺牲。这自然需要大家宣传佛在修行过程中种种精进行为，以此来坚定僧徒的信念，致使出现众多的僧徒为法舍身、慷慨捐躯的题材画面。虽然在事实上和行动上并非人人仿效，但是在表面上、形式上都受到僧尼佛众的认可和信奉。否则，当时佛教就不可能成为整个民族的宗教。
佛经上载述的各种佛本生故事虽然庞大，但直到5世纪，才被南传大藏经编纂在一起，形成一个完整、系统的本生部类。而在此之前，多数见于各种经典和律本中。龟兹地区的佛本生故事数量多，其中克孜尔石窟中佛本生故事就占到三分之一，而且许多是佛本生故事画的经典之作。
龟兹地区特别是克孜尔的本生和因缘故事画，普遍以单幅菱格形式构图，具有鲜明的地方特色，所以被称为菱格画。这是龟兹壁画既远离印度范本又区别于敦煌壁画的独特之处。它完全艺术化了，更多地追求神似、意境、气韵，追求生活气息与浪漫主义想象的结合。菱格画主要绘于中心柱窟和方形窟主室的纵券顶、正壁佛龛的上方和甬道内。布局主要是在主室纵券顶部的中脊绘一条南日、月、立佛、风神和蛇形龙组成的天象图，两边券腹部则先用若干等距离的左右交叉平行直线，将壁画划分成许多尺余见方的菱形网格，少者几十，多则近百，而后就在这些被界定的小小区域内，绘制一幅幅本生和因缘故事画。
不论菱格画绘于窟内何处，无不是在具像之后，又将每一菱格上部两侧边线勾成曲线，完成整个造型。这种曲线，形式多样，富于变化，充分发挥了曲线造型的功能，加之又依次着以青、绿、黑、白诸色，不仅打破了原先直线划分的平板性，而且使画面产生一种丰富多变、重叠向上、直指苍穹的动感艺术效果。
以单幅构图表现一个本生故事，是龟兹地区早期壁画中普遍采用的形式，只有极少数作品采取连续性画面，例如新疆米兰的须达拿本生。因此，单幅构图的本生故事可以说是龟兹早期本生故事画的主要形式，这种形式的图样可称为“西域型”，也是本生故事画发展的早期样式。如“鹦鹉舍身灭火”，是一只鹦鹉，心怀大悲，看见山林起火，危及禽兽的生命，便竭尽全力用翅膀沾水灭火。帝释提醒说：山林广大，用翅取水不过数滴，何能灭此大火?鹦鹉回答：只要有信心，精勤不懈，必能灭火。若此生不灭，还有来生再灭。为了表扬它的志向，帝释立即降大雨，熄灭林火，使禽兽得救。画面作单幅构图，有的绘作林中烈焰弥漫，上飞一鸟。有的绘有奔跑的众兽及前来相助灭火的帝释。这是最简略的表现方式，但是构图很精美，而且真实的描绘已能清楚地表现故事的内容。
以龟兹为代表的早期“西域型”本生故事画与当时在西域流传的经典有极为密切的关系。在西域当地译集的《贤愚经》所记载的本生故事，所叙述的情节与壁画上所表现的情节就极为吻合。克孜尔石窟的“舍身饲虎”均画二虎子，和《贤愚经》记载相符。“割肉贸鸽”，有的描绘尸毗王身肉割尽，“举身自起、欲上秤盘”状；有的描绘尸毗王股、臂之肉已割尽，其秤亦作“以钩钩中，两头施盘”，与《贤愚经[卷一]梵天请法六事品》的记载相同。
从这些早期作品还可以看出：画家在以单幅构图表现故事性题材时，表现出选择“情节”的才能。善于选择最能表现故事特殊内容的情节来加以表现，可以说是早期单幅本生故事画的特色。鹦鹉舍身灭火是以烈焰弥漫而一鸟蘸水灭火的场面，简略而又明确地表达了故事画的主要内容。这正像早期文献中习惯以“身钉千钉”、“舍身饲虎”、“割肉贸鸽”等来称呼毗楞竭梨王本生、摩珂萨陲太子本生和尸毗王本生一样，以简单的四字就概括了整个故事的中心内容。
单幅构图的本生故事画，就好比是一个特写镜头，摄取了本生故事中的精髓，抓住了本生故事中最本质的东西。其用色集中，将艺术之美集中于一点而加以再现，采用抒情的笔法，超越对外部世界的描摹。理想是现实的要求，幻想是理想的化身，人们在龟兹观看壁画，就如同身临彼岸天国，天国的幻境常能满足空落的心灵。
